Основная река региона — Обь, на которой выше Новосибирска в 1950-е гг. был сформирован крупный искусственный водоём — Новосибирское водохранилище.

Правобережное Приобье в пределах Новосибирской области и Алтайского края характеризуется хорошо развитой речной сетью, но, за исключением нескольких довольно крупных рек (в первую очередь Иня, Бердь и Чумыш), всё это малые реки и ручьи. Почти для всех рек типично весеннее половодье. Средний многолетний сток местных рек для юга Сибири значителен: свыше 100 мм. Для логов типично формирование временных водотоков после стаивания снега и сильных дождей.

Местные малые реки и ручьи — это либо притоки самой Оби, либо двух рек: Ини (объём стока 1,67 кубических километров) и Берди (1,26 кубических километров). Густота речной сети здесь достигает 0,4 км / квадратный километр, а средний уклон для преимущественно равнинного региона довольно значителен — от 0,35 до 7,7 промилле. Малые реки, начинающиеся на Салаирском кряже, обычно имеют черты, характерные для горных рек, например, каменистое дно, более или менее чистую и насыщенную кислородом воду и довольно высокую скорость течения.



Малые реки на равнинах, как правило, отличаются мутной водой, низким содержанием кислорода, медленным течением.



Озёр на правобережье немного, но довольно часто встречаются искусственные водоёмы, главным образом пруды разных размеров, в том числе мелководные и пересыхающие.



В последние десятилетия в регионе идет интенсивное восстановление популяции бобров. В результате очень обычными стали бобровые пруды.



Новосибирское водохранилище — самый крупный водоём лесостепного Приобья. Его формирование в общих чертах завершилось в 1959 г., но до сих пор продолжается разрушение берегов, особенно образованных суглинками и супесями и меняется донная часть. Площадь водного зеркала водохранилища превышает 1000 квадратных километров, средняя глубина — 9 м, максимальная — 25 м. В водохранилище впадает Бердь, а также несколько десятков небольших рек. При образовании водохранилища затопленными оказались обширные террасы разного уровня. В результате значительную площадь занимают мелководья (до 15 %). Существенно, что уровень воды в водохранилище на протяжении года меняется (обычно в пределах 5 м).



Очевидно, что появление водохранилища существенно изменило условия существования для многих гидробионтов. В него интродуцированы или занесены виды, чуждые для водоёмов юга Западной Сибири, такие как ракообразные Gmelinoides fasciatus и Micruropus possolskii.