Экологическая микорбиология

На главную Базовые лаборатории Наши преподаватели Наши студенты Контакты

Экологическое право

Экономика природопользования

Математическое моделирование экосистем

Математическое моделирование переноса и трансформации веществ

Химия почв

СКАЧАТЬ

I. Организационно-методический раздел.

1.1. Название курса. Микроорганизмы и окружающая среда
Курс реализуется в рамках специальностей "экология" и "химия", относится к разделу стандарта естественно-научные дисциплины, вузовская компонента.

1.2. Цели и задачи курса.
Дисциплина "Микроорганизмы и окружающая среда" предназначена для студентов факультета естественных наук Новосибирского государственного университета, специальность "экология". Курс может быть использован и студентами специальностей "биология" и "химия" (специализация "химия окружающей среды"), а также слушателями курсов повышения квалификации преподавателей.
Основной целью освоения дисциплины является формирование у студентов представлений о месте микроорганизмов в биосфере, их роли в кругообороте веществ, особенностях биохимии микроорганизмов, возможности их использования в качестве технологических агентов для снижения негативных последствий антропогенных воздействий на окружающую среду, возможностях создания технологий общества устойчивого развития с использованием микроорганизмов.
Для достижения поставленной цели выделяются задачи курса:
1. Дать студентам основные представления об организации биосферы, "доменах жизни", микроорганизмах и их сообществах как компонентах биосферы, особенностях метаболизма микроорганизмов, их роли в возникновении и преобразованиях органического вещества в природе, о процессах обмена энергией между органической и неорганической природой;
2. Дать студентам основные представления о возможностях использования микроорганизмов в процессах биоремедиации территорий, пострадавших от антропогенных факторов, о возможности детоксикации вредных отходов производства и построения технологий, предотвращающих образование токсичных отходов.

1.3. Требования к уровню освоения содержания курса (дисциплины).
По окончании изучения указанной дисциплины студент должен
- иметь представление об уровнях организации биосферы, месте и роли микроорганизмов в природе, возможностях создания экологически благоприятных технологий на основе использования микроорганизмов и получаемых с их помощью продуктов;
- знать основы экологии микроорганизмов и их сообществ, морфологии микробных клеток, типы питания микроорганизмов, производства энергии в ходе метаболических процессов, основы биотехнологии;
- уметь формулировать задачи по разработке природоохранных мероприятий и технологий с использованием микроорганизмов и производимых ими продуктов.

1.4. Формы контроля
Итоговый контроль. Для контроля усвоения дисциплины учебным планом предусмотрен экзамен.
Текущий контроль. В течение семестра в ходе лекций студентам предлагаются вопросы для проверки усвоения материала и для установления связи изучаемого материала с ранее прочитанными им курсами, которые необходимы для понимания материала.

II. Содержание дисциплины.

2.1. Новизна курса (научная, содержательная; сравнительный анализ с подобными курсами в России и за рубежом) его актуальность - для дисциплин специальной подготовки.
Актуальность курса обусловлена тем, что при подготовке экологов традиционно уделяется недостаточно внимания роли микроорганизмов в функционировании микробных сообществ, возможности использования микроорганизмов для создания экологически благоприятных технологий и восстановления биопродуктивности территорий, загрязненных в процессе хозяйственной деятельности человека.
В курс включены разделы и темы, основанные на журнальных публикациях, посвященных современным методам исследования структуры микробных сообществ, таксономического отнесения микроорганизмов на основе анализа структуры генетического аппарата, технологиях защиты окружающей среды, основанных на использовании микроорганизмов и производимых ими продуктах. Многие сведения, включенные в курс, не вошли в учебники. В подобных случаях даются ссылки на оригинальные научные публикации и сайты в Интернете, где можно ознакомиться с соответствующими оригинальными статьями.

2.2. Тематический план курса (распределение часов).

2.3. Содержание отдельных разделов и тем.

Тема 1.
Метаболизм микроорганизмов, его особенности. Распространение микроорганизмов и особенности их метаболизма, определяемые экологическими нишами обитания.
Типы метаболизма: автотрофный, гетеротрофный. Типы автотрофного питания: фотоавтотрофный, хемоавтотрофный. Типы гетеротрофного питания: органотрофный, литотрофный.
Дыхание и брожение, аэробиоз и анаэробиоз.

Тема 2.
Сообщества микроорганизмов. Структура сообществ. Взаимоотношения между участниками сообщества. Микробные сообщества как компоненты более сложных экосистем. Высшие организмы как экосистема и экологическая ниша для микробных сообществ. Методы выделения микроорганизмов из природных источников и исследования структуры микробных сообществ. Культивируемые и некультивируемые микроорганизмы из природных источников. Биохимические характеристики микроорганизмов.

Тема 3.
Методы идентификации микроорганизмов на основе биохимических показателей состава (липиды, фосфолипиды).
Молекулярно-биологические методы исследования микроорганизмов и микробных сообществ. Методы извлечения тотальной ДНК из природных субстратов. Методы амплификации маркерных генов и анализа степени их сходства. Полимеразная цепная реакция (ПЦР) и ее использование для изучения структуры микробных сообществ. Маркерные гены, их выбор.

Тема 4.
Роль микроорганизмов как индикаторов загрязнения окружающей среды. Генетически измененные микроорганизмы как новый фактор воздействия на окружающую среду. Генетический обмен в микробных сообществах. Горизонтальная передача генетической информации.

Тема 5.
Процессы самоочищения окружающей среды за счет деятельности микроорганизмов.
Основные антропогенные поллютанты в окружающей среде: нефтепродукты, пестициды, бытовые отходы (синтетические ПАВ, пищевые отходы), отходы химических производств (красители, хлорпроизводные, полупродукты, фенольные соединения, природные и синтетические полимеры). Основные биохимические пути биодеградации отходов.

Тема 6.
Биодеградация: пестициды, дегалогенирование, взрывчатые вещества. Конструирование штаммов для биоремедиации.

Тема 7.
Концепция устойчивого развития. Биотехнология как альтернатива химической технологии. Варианты использования биотехнологических подходов в производстве продуктов. Микробиологические средства защиты растений. Бактериальные энтомопатогенные препараты.

Тема 8.
Грибные энтомопатогенные препараты. Фунгицидные препараты.
Микробиологические удобрения
Антибиотики, их применение, ограничения. Производство антибиотиков. Производство фармпрепаратов. Микробиологический синтез, биотрансформация, ферментативный катализ.

Тема 9.
Использование биокатализаторов как путь построения безотходных технологий. Преимущества биокатализаторов перед традиционно используемыми катализаторами химической промышленности. Изолированные ферменты и цельноклеточные
Методы конструирования промышленных штаммов микроорганизмов. Природная микрофлора как источник штаммов микроорганизмов, перспективных для промышленного использования и создания на их основе промышленных продуцентов.катализаторы.

Тема 10.
Перспективы использования биотехнологии в общественном производстве. Микробиологическое выщелачивание горных пород. Конструирование метаболомов, метаболическая инженерния.
Методы молекулярной эволюции генов ферментов и оперонов.

2.4. Перечень примерных контрольных вопросов и заданий для самостоятельной работы (в объеме часов, предусмотренных образовательным стандартов и рабочим учебным планом данной дисциплины).
Контрольные вопросы и задания:
По теме 1.
1. Охарактеризуйте особенности метаболизма микроорганизмов
2. Опишите типы метаболизма микроорганизмов
3. Укажите основные отличия аэробного и анаэробного типов метаболизма
По теме 2.
1. Разъясните понятие "микробное сообщество"
2. Укажите основные типы взаимоотношений между участниками микробных сообществ
3. Методы выделения микроорганизмов из природных систем
4. Методы исследования структуры микробных сообществ
5. Основные биохимические характеристики микроорганизмов
По теме 3.
1. Методы идентификации микроорганизмов
2. Молекулярно-биологические методы исследования микроорганизмов и микробных сообществ
3. Методы извлечения тотальной ДНК из природных субстратов
4. Методы амплификации маркерных генов и анализа сходства структуры
5. Полимеразная цепная реакция - принципы и применение
По теме 4.
1. Микроорганизмы как индикаторы загрязнения окружающей среды
2. Горизонтальный обмен генетической информацией
3. Генетически измененные микроорганизмы - получение и роль в окрудающей среде
По теме 5.
1. Роль микроорганизмов в самоочищении окружающей среды
2. Основные типы антропогенных поллютантов
3. Основные пути биодеградации поллютантов
По теме 6.
1. Осноные биохимические механизмы дегалогенирования
2. Ключевые реакции биодеградации ароматических нитросоединений
3. Конструирование штаммов - биодеструкторов
По теме 7
1. Роль биотехнологии в концепции устойчивого развития
2. Микробиологические средства защиты растений - принципы действия препаратов и их производство
3. Энтомопатогенные микробиологические препараты
По теме 8
1. Микробиологические азотные удобрания
2. Микробиологические фосфорные удобрения
3. Основные тепы продуктов микробиологического синтеза
По теме 9
1. Использование ферментов в качестве каталитических агентов
2. Формы применения ферментов как катализаторов
3. Методы конструирования промышленных штаммов микроорганизмов
По теме 10
1. Биотехнологические подходы в горнодобывающей промышленности
2. Понятие о метаболической инженерии
3. Основные подходы к молекулярной эволюции белков

III. Учебно-методическое обеспечение дисциплины

3.2. Темы рефератов (курсовых работ) учебным планом не предусмотрены

3.3. Образцы вопросов для подготовки к экзамену:
1. Особенности метаболизма микроорганизмов
2. Основные типы взаимоотношений между участниками микробных сообществ
3. Формы применения ферментов как катализаторов
4. Типы метаболизма микроорганизмов
5. Понятие о метаболической инженерии
6. Основные типы продуктов микробиологического синтеза
7. Основные отличия аэробного и анаэробного типов метаболизма
8. Методы исследования структуры микробных сообществ
9. Биотехнологические подходы в горнодобывающей промышленности
10. Роль микроорганизмов в самоочищении окружающей среды
11. Основные пути биодеградации поллютантов
12. Основные подходы к молекулярной эволюции белков
13. Основные типы взаимоотношений между участниками микробных сообществ
14. Основные биохимические механизмы дегалогенирования
15. Микробиологические средства защиты растений - принципы действия препаратов и их производство
16. Методы идентификации микроорганизмов
17. Горизонтальный обмен генетической информацией
18. Полимеразная цепная реакция - принципы и применение
19. Молекулярно-биологические методы исследования микроорганизмов и микробных сообществ
20. Энтомопатогенные микробиологические препараты
21. Генетически измененные микроорганизмы - получение и роль в окружающей среде
22. Ключевые реакции биодеградации ароматических нитросоединений
23. Микробиологические фосфорные удобрения
24. Основные биохимические характеристики микроорганизмов
25. Методы извлечения тотальной ДНК из природных субстратов
26. Биотехнологические подходы в горнодобывающей промышленности
27. Использование ферментов в качестве каталитических агентов
28. Методы амплификации маркерных генов и анализа сходства структуры
29. Основные типы антропогенных поллютантов
30. Микробиологические азотные удобрения
31. Микроорганизмы как индикаторы загрязнения окружающей среды
32. Понятие о метаболической инженерии
33. Основные подходы к молекулярной эволюции белков

3.4. Список основной и дополнительной литературы:
1. Н. Грин, У. Стаут, Д. Тейлор. Биология, в 3-х томах. Т. 1,2. М., Мир, 1990
2. Р. Стейнер, Э. Эдельберг. Дж. Ингрэм. Мир микробов. В 3-х томах. Тт. 1-3. М., Мир, 1979.
3. Г. Шлегель. Общая микробиология. М., Мир, 1972. См. также более поздние издания.
4. http://141.150.157.117:8080/prokPUB/index.htm
5. Б. Глик, Дж. Пастернак. Молекулярная биотехнология. Принципы и применение. М., Мир, 2002
6. М.Н. Ротмистров, П.И. Гвоздяк, С.С. Ставская. Микробная деструкция синтетических органических веществ. Киев, Наукова думка, 1975.
7. Д.Г. Кнорре, С.Д. Мызина. Биологическая химия, изд. 2-е. М., Высшая школа, 1998
8. А. Ленинджер. Биохимия. М., Мир, 1975.
9. Дж. Бейли, Д. Оллис. Основы биохимической инженерии, в 2-х томах. М., Мир 1989
10. Биотехнология. Принципы и применение. Под редакцией И. Хиггинса, Д. Беста, Дж. Джонса. М., Мир, 1988
11. С.Н. Загребельный. Биотехнология. Часть 1. Культивирование продуцентов и очистка продуктов. Учебное пособие. Новосибирский гос. ун-т., Новосибирск, 2001
12. С.Н. Загребельный. Биотехнология. Часть 2. Инженерная энзимология. Учебное пособие. Новосибирский гос. ун-т., Новосибирск, 2001