Экологическая биохимия

На главную Базовые лаборатории Наши преподаватели Наши студенты Контакты

Экологическое право

Экономика природопользования

Математическое моделирование экосистем

Математическое моделирование переноса и трансформации веществ

Химия почв

СКАЧАТЬ

I. Организационно-методический раздел.

1.1. Цель курса:
Дисциплина ": "Экологическая биохимия"" предназначена для студентов хими-ческого отделения факультета естественных наук, специализирующихся в облас-ти экологии. Основной целью освоения дисциплины является изучение биохимических механизмов адаптации живых организмов к меняющимся условиям внешней среды. Для достижения поставленной цели выделяются задачи курса:

1.2. Задачи курса:
- Изучить механизмы взаимодействия растений с внешней средой через вторичные метаболиты
- Изучить основные механизмы адаптации через изменение активности ферментов
- Рассмотреть метаболизм экзогенных и эндогенных соединений ферментами 1-й и 2-й фаз метаболизма ксенобиотиков как основу адаптации к чужеродным соединениям.

1.3. Требования к уровню освоения содержания курса (дисциплины).
По окончании изучения указанной дисциплины студент должен:
- иметь представление о биохимических механизмах адаптации.
- знать закономерности и регуляцию основных биохимических процессов в клетке при меняющихся условиях внешней среды (гипоксия, повышение тем-пературы, влияние ксенобиотиков).
- уметь ориентироваться в проблемах, связанных с биохимической адаптацией живых организмов к внешней среде.

1.4. Формы контроля.
Итоговый контроль. Для контроля усвоения дисциплины учебным планом предусмотрен экзамен.
Текущий контроль. В течение семестра проводится тестирование студентов по 2-м основным темам: 1. биохимическая адаптация, регулируемая ферментативными системами; 2- метаболизм ксенобиотиков. Выполнение указанных видов работ является обязательным для всех студентов, а результаты текущего контроля служат основанием для выставления оценок в ведомость контрольной недели на факультете.

II. Содержание дисциплины.

2.1. Новизна курса "Экологическая биохимия" заключается в обобщении разрознен-ных данных по биохимической адаптации. В России подобные курсы не читаются. Ав-тор курса Гуляева Л.Ф., активно работающая в области ксенобиохимии, привлекает новые научные достижения, постоянно появляющиеся в этой области. Актуальность предложенного курса вытекает из необходимости изучения механизмов адаптации к меняющимся условиям внешней среды, особенно связанных с химическим загрязнени-ем.

Тематический план курса (распределение часов):

2.2. Содержание отдельных разделов и тем.

Введение:
Экологическая биохимия как наука о биохимических механизмах взаимодействия живых организмов и внешней среды. Адаптация биохимических процессов. Биохимические основы защиты живых организмов от химических факторов внешней среды. Функции детоксификации.

Часть I. Биохимические основы взаимодействия живых организмов
1. Экологическая адаптация растений к окружающей среде. Роль климатиче-ских условий. Адаптация к жаре, цикл Хэча-Слэка. Адаптация к холоду. Растения в условиях засухи и затопления. Биохимическая адаптация к почве. Механизмы формирования устойчивости растений к тяжелым металлам. Иммобилизация тяжелых металлов в клеточной стенке. Роль плазмалеммы в развитии толерантности. Металлотионеины и хелатины. Изменения метаболизма в клетках растений в присутствии тяжелых металлов. Стрессовые белки растений. Убиквитин. Галофитные растения. Механизмы детоксификации фенолов, фунгицидов, гербицидов.
2. Биохимия опыления растений. Роль окраски цветка. Антоцианидины. Факторы, влияющие на окраску цветка. Эволюция окраски цветка. Роль запаха в опылении растений. Монотерпены и сесквитерпены, моноамины и диамины. Указатели нектара и пыльцы в опылении.
3. Вторичные метаболиты растений в адаптационных процессах. Расти-тельные токсины и их действие на животных. Классы токсинов. Небелковые аминокислоты. Цианогенные гликозиды и алкалоиды. Судьба токсинов в организме животного. Полиморфизм цианогенеза. Адаптация животных к цианидам. Сердечные гликозиды и пирролизидиновые алкалоиды во взаимодействии растений и животных.
4. Гормональные взаимодействия между растениями и животными. Гормо-ны растений. Синтез гормонов у дрозофилы из скоттенола кактусов. Растительные гор-моны в борьбе с насекомыми.
5. Пищевые вещества, предпочитаемые насекомыми. Пищевые аттрактанты и детерренты. Эволюция пищевых детеррентов у высших растений. Аллелопатия растений.
6. Пищевые вещества, предпочитаемые позвоночными, в том числе чело-веком. Химия вкуса.
7. Феромоны и защитные вещества животных

Часть II. Адаптивное изменение биохимических процессов
1. Метаболическая регуляция активности ферментов как механизм адап-тации к внешней среде. Поддержание структурной целостности макромолекул. Энергетическое снабжение клетки. Поддержание систем, регулирующих направление метаболических процессов. Временные параметры адаптации. Энантиостаз.
2. Функциональные блоки в системе метаболизма и их сопряжение. Ката-болизм (гликолиз, окисление жирных кислот, цикл Кребса). Адаптивные перестройки на участках гликолиза. Роль глицеролфосфат дегидрогеназы. Регуляция на уровне фос-фоглицератов , ФЕП и пирувата. Окислительный метаболизм. Катаболизм липидов. Белки и аминокислоты как потенциальные источники энергии. Дезаминирование и трансаминирование. Роль цикла Кребса в катаболических и анаболических процессах. Анаплеротические реакции. Реакции декарбоксилирования, сопряженные с переносом энергии на НАД+ и ФАД+. Роль дегидрогеназ в метаболических процессах. Дыхатель-ная цепь в митохондриях млекопитающих. Челночные механизмы переноса водорода. Синтез АТФ. Эффект Пастера. Объединение гликолиза и дыхания. Регулируемые ком-поненты митохондриального метаболизма. Адаптационные изменения путей переноса электронов. Анаболизм (процессы биосинтеза). Рост и дифференцировка (синтез слож-ных макромолекул)
3. Изменение ферментативной активности как основа приспосабливаемо-сти к метаболическим функциям. Адаптация ферментов к метаболическим функ-циям. Уровни регуляции ферментативной активности. Транскрипция, трансляция, ста-билизация. Кинетические параметры. Положительная и отрицательная кооперативность в работе ферментов. Аллостерия.
4. Ферменты как катализаторы и регуляторы биохимических процессов. Роль модуляторов в регуляции активности ферментов на примере фосфофруктокиназы. Тонкие и грубые механизмы регуляции ферментов. Ключевые ферменты метаболизма и их регуляция внеклеточными сигналами. Аденилатциклазная система.
5. Ферменты как защитные приспособления . Защита от оксидативного стресса.
6. Обходные пути метаболизма
7. Адаптация к физической нагрузке. Анаэробный и аэробный метаболизм в мышцах. Запасание энергии в мышцах. Фосфагены. Регуляция мышечной гликоген-фосфорилазы. Фосфофруктокиназа и гликолиз.Роль цикла Кребса в работе мышц. Сходства и различия между анаэробным и аэробным энергоснабжением. Стратегия адаптации к длительной работе.
8. Особенности метаболизма в условиях аноксии. Разнообразие форм анаэроб-ного метаболизма. Проблема конечных метаболитов. Восстановление метаболического гомеостаза. Роль цикла Кори. Перезарядка периферического и центрального депо гли-когена. Глюконеогенез.
9. Изменение биохимических процессов в условиях гипоксии. Снижение интенсивности метаболизма. Адаптация к нырянию. Роль ацетальдегида при гипоксии. Функциональная гипоксия.
10. Выключение активного метаболизма. Метаболическое состояние живых ор-ганизмов при ангидробиозе. Диапауза у насекомых. Гликоген как предшественник многоатомных спиртов. Зимняя спячка у грызунов. Роль аминокислот. Метаболизм в период пробуждения. Кетоновые тела и их окисление. Зимняя спячка у медведей. Контроль подавления метаболизма.
11. Дыхательные белки. Регуляция функции гемоглобина. Варианты гемоглобина. Адаптационная модуляция свойств гемоглобина.
12. Адаптационные процессы, связанные с водными растворами. Регули-рование концентраций веществ. Стратегия накопления основных осмолитов. Роль рН и состава буферных систем. Регулирование концентраций совместимых осмолитов. Оптимальная величина рН и состав буферных систем. Роль имидазольной группы гистидина в регуляции рН.
13. Адаптация к температуре. Эндотермия и регуляция температуры тела. Бурая и жировая ткань. Сохранение оптимальной величины рН и состава буферных систем. Влияние температуры на липиды мембран. Белки теплового шока животных.
14. Адаптация к морским глубинам. Гидротермальные источники - область обильной жизни на больших глубинах. Особенности состава белковых молекул.

Часть III. Адаптационные процессы взаимодействия живых организмов с химическими факторами внешней среды
1. Окружающая среда как источник многочисленных веществ, чужеродных для человека. Чужеродные соединения (ксенобиотики). Разнообразие содержания их в пище, медикаментах, в продуктах химического производства и других сферах жизне-деятельности человека. Неорганические и органические ксенобиотики природного и синтетического происхождения. Канцерогены как ксенобиотики и их классификация.
2. Судьба чужеродных соединений. Определение I и II фазы метаболизма. Мета-болическое превращение. Детоксификация как функция химической защиты. Усиление токсичности (токсификация) как негативное проявление действия ксено-биотиков.
3. Структура и функция микросомной монооксигеназной системы (МОС). Общие представления о функционировании ферментов монооксигеназной системы животных и человека. Активация кислорода как универсальный механизм действия ферментов МОС. Микросомальная цепь переноса электронов. Основные реакции, осуществляемые цитохромом Р450. Современные представления о строении Р450. Генная классификация цитохрома Р450. Семейства 1 и 2 как основные в метаболизме ксенобиотиков. Индукция ферментов МОС. Молекулярные механизмы активации генов Р450 и других ферментов, метаболизирующих ксенобиотики. Рецепторный механизм активации генов СУР1А. Молекулярная характеристика Ah-рецептора. Роль факторов транскрипции в активации генов некоторых Р450 . Тканеспецифичность индукции.
4. Индукция ферментов МОС как биохимический параметр для биомони-торинга загрязнения окружающей среды. Индукция ферментов детоксификации химическими компонентами загрязнения окружающей среды.Использование диких животных и рыб для экологического биомониторинга. Влияние факторов окружающей среды на ферментные системы человека
5. Ферменты 2-ой фазы метаболизма ксенобиотиков.Глюкуронидация как один из основных механизмов коньюгации ксенобиотиков и эндогенных соединений. Роль трансфераз в процессах детоксификации. Реакции ацетилирования. Микросомальная эпоксидгидролаза в катализе особо токсических соединений.
6. Взаимосвязь метаболизма эндогенных соединений и ксенобиотиков. Цитохром Р450 и метаболизм стероидных гормонов, роль факторов внешней среды. Ароматаза как ключевой фермент в биосинтезе стероидов. Метаболизм арахидоновой кислоты и простагландинов.
7. Лекарства как чужеродные для человека соединения. Метаболизм лекарств множественными формами цитохрома Р450 человека. Основные фармакокинетические параметры при исследовании метаболизма лекарств. Лекарства-маркеры. Генетический полиморфизм в метаболизме лекарств. Связь с патологиями человека. Использование тестовых лекарств в биомониторинге окружающей среды.
8. Метаболизм пестицидов и других промышленных химикатов. Пестициды и инсектициды. Полихлорированные углеводороды. Дихлорбензолы. Фосфорорганические соединения. Карбаматы. Фенолы. Природные вещества (никотин, стрихнин). Продукты промышленного производства. Хлорированные алифатические соединения и алифатические спирты.Ароматические углеводороды, нитросоединения и амины. Пищевые токсины. Биологические эффекты и последствия.
9. Токсификация как негативное проявление действмя ксенобиотиков. Биоактивация и детоксификация промышленных загрязнителей среды. Роль реактивных метаболитов в процессах токсификации (на примере метаболизма бензпирена как потенциального канцерогена). Механизмы тератогенеза. Образование аддуктов метаболитов с биологическими макромолекулами. Механизмы связывания реактивных метаболитов с ДНК и белками. Использование методов регистрации аддуктов в биомониторинге. Современные представления о механизмах химического канцерогенеза. Ферменты микросомной монооксигеназной системы в активации проканцерогенов. Роль аддуктов в возникновении мутаций. Мутации и рак. Активация онкогенов в механизмах онкогенеза. Оценка факторов риска в канцерогенезисе. Полиморфизм ферментов I и II фазы метаболизма ксенобиотиков и рак. Генетический полиморфизм цитохрома Р4501А1 и частота возникновения рака легкого. Роль глютатион S-трансферазы в возникновении онкологических заболеваний. Оксидативный стресс, окисление ДНК и раковые супрессорные гены.

2.3. Перечень примерных контрольных вопросов и заданий для самостоятель-ной работы:

Предлагается тест, где нужно выбрать правильный ответ. Ниже приведены вопросы такого теста:

ТЕСТ
по экологической биохимии

Часть 1. Адаптационные биохимические пpоцессы у pастенийи животных

1. Феpменты, игpающие pоль в адаптации pастений к жаpе
- альдолаза (фотосинтез)
- фосфоенолпиpуваткаpбоксилаза (цикл Хэча-Слэка)
- фосфопиpуваткиназа (цикл Кальвина)

2. В адаптации pастений к затоплению (гипоксия) подключены
пpоцессы:
- гликолиз
- бэта-окисление жиpных кислот
- Цикл Кальвина

3. Феpменты детоксикации токсинов у pастений:
- глютатион-S-тpансфеpаза
- гликозилтpансфеpаза
- изомеpаза

III. Учебно-методическое обеспечение дисциплины

3.2. Образцы вопросов для подготовки к экзамену

Билет состоит из 3-х вопросов, охватывающих 3 основных раздела курса.
Ниже приведены примеры экзаменационных билетов

Билет № 1:
1. Структура и функция цитохрома Р450
2. Регуляция гликолиза при гипоксии
3. Механизмы адаптации растений к жаре

Билет № 2:
1. Типы реакций, катализируемых цитохромом Р450
2. Стратегия биохимической адаптации. Функциональные блоки метаболизма и их сопряжение
3. Биохимия опыления растений.

3.3. Список основной и дополнительной литературы

Список рекомендованной литературы

Дж. Харборн. Введение в экологическую биохимию. М. : Мир, 1985. 308 с.
П. Хочачка, Дж. Сомеро. Биохимическая адаптация. М. : Мир, 1988. 568 с.
Д.В. Парк. Биохимия чужеродных соединений. М. : Медицина, 1973. 287 с.
В.В. Ляхович, И.Б. Цырлов. Структурные аспекты биохимии монооксигеназ. Новоси-бирск: Наука, 1978. 235 с.
В.М. Мишин, В.В. Ляхович. Множественные формы цитохрома Р450. Новосибирск: Наука, 1985. 180 с.
Л.Ф. Гуляева., А.Ю. Гришанова и др. Микросомная монооксигеназная система живых организмов в биомониторинге окружающей среды: Аналитический обзор. ГПНТБ, Но-восибирск, 1994. 98 с.
Гуляева Л.Ф. Экологическая биохимия // Краткий курс лекций. - Из-во Новосибирского Гос. Ун-та.- 2003. - 131 С.